
2017年,著名結構生物學家顏寧離開任教10年的清華大學,到美國普林斯頓大學就職,備受爭議。
【資料圖】
最近,顏寧又毫無征兆地宣布選擇歸國,出任深圳醫學科學院創始院長,再次引發熱議。
有一種聲音就提出,顏寧的主要研究方向,其實已經被AI所取代,其工作失去了以往的價值。
對此,忙于工作、懶得辟謠的顏寧,還是在個人微博露面,作了一番科普,也談了自己的想法。
顏寧在回應中特別提到了AlphaFold,Google公司旗下DeepMind團隊出品的AI工具,與大名鼎鼎的圍棋AI AlphaGo師出同門,可以根據基因序列預測蛋白質的3D形狀,而且準確性驚人。
顏寧指出,去年8月8日就曾有一份論文,討論AlphaFold的局限性,而到了今天,這份報告仍然一張都不用改。
簡單地說,顏寧專注的電壓門控鈉離子和鈣離子通道的幾個關鍵問題,包括electromechanical coupling、ion selection、MOA of drugs and toxins,AlphaFold在過去解析諸多結構的基礎上,去年的預測達到了顏寧團隊2017年的水平,今年依舊停留在這個水平(僅針對Nav/Cav)。
顏寧也在與專門做結構預測的AI團隊合作,分別做預測和實驗,測試新型小分子與蛋白的相互作用。
結果呢?迄今為止,AI的預測無一正確。
顏寧對此解釋說,結構生物學不僅僅是看到蛋白質的折疊,更要理解蛋白質的動態變化,要理解與其他生物大分子或者調節小分子的相互作用,要理解在細胞原位里的狀態,這些都是AI目前尚無能為力的領域,因為尚沒有足夠的數據庫去訓練它。
比如說,顏寧團隊Cav2.2的結構去年發表晚了,尚未放在數據庫里被AlphaFold用來訓練,所以它預測的模型就與實驗結構嚴重不符。
關鍵詞: alphafold
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